去內毒素大提試劑盒操作流程(QIAGEN)
純化高轉染級別的質粒DNA
【工作臺流程】BENCH PROTOCOL
準備工作:
1.將RNase A 溶液加入P1緩沖液(Buffer P1)
2.加40ml96-100%乙醇(ethanol)于試劑盒的去內毒素水中(endotoxin-fre water)
3.可選:加 LyseBlue 試劑于 Buffer P1
4.檢查 Buffer P2是否有SDS沉淀precipitation 有沉淀可在37攝氏度下暖化溶解
5.Buffer P3 置于4攝氏度中預冷pre-chill
6.細菌擴增培養
補充:
- 準備4-6個50ml新的或滅菌的離心管用于冷凍離心機下離心過夜菌液,2個用于接下來的菌塊重懸和與buffer混合
- 1個無內毒素的30ml聚丙烯(不推薦聚碳酸酯,因為不耐乙醇)管子(最好用圓底的離心管以利于高速離心)用于收集洗提的質粒DNA
- 5個1.5ml的EP管用于收集抽提過程各步驟的產物用于實驗后分析和質量控制
- 準備1個冰浴盒用于步驟6
- 準備室溫下的異丙醇10.5ml
- 4攝氏度冰凍離心機和分光光度儀,瓊脂糖凝膠電泳
步驟:peocedure
A.細菌培養、收獲和裂解 bacterial culture,harvest & lysis
1.100ml高拷貝high-copy或250ml低拷貝low-copy過夜overnight LB培養菌液于冰凍離心機4攝氏度; 6000×g;15min
從新鮮的抗生素平板上挑取一個單菌落,2-5ml抗生素LB液體初始培養基30攝氏度孵化約8小時(振蕩300rpm,注意孵化容器容積至少4倍于培養液)
抗生素LB液體培養基稀釋初始培養液到1:500-1000。(高拷貝質粒100-200ul初始培養液加于100ml培養基;低拷貝質粒250-500ul初始培養液加于250ml培養基)37攝氏度300rpm振蕩12-16小時。(孵化容器容積至少4倍于培養液,培養至細菌密度約3-4×109/ml,即離心后菌塊濕重約3g/L培養基)
培養基配方:10g蛋白胨+5g酵母+10g氯化鈉 溶于800ml蒸餾水,用1 N NaOH 調pH值至7.0,用蒸餾水調整至1L。
可將離心后菌塊-20攝氏度下冰凍保存暫時終止實驗。
2.于10ml Buffer P1中重懸浮resuspend細菌沉淀bacterial pellet,混勻
必須重懸徹底,渦流振蕩器或移液器反復吹打至沒有菌塊
3.加入10ml Buffer P2,劇烈vigorously翻轉invert4-6次混合,置于incubate室溫5min
在室溫孵化期間準備QIAfilter 過濾筒cartridge:在濾筒出水口outlet噴嘴nozzle擰上screw帽子,將濾筒置于管架備用
加入buffer P2后不要使用渦流振蕩器(以免剪切細菌DNA),裂解反應不要超過5分鐘。buffer P2用完要擰緊蓋子以免酸化。
4.加10ml預冷的 Buffer P3,劇烈翻轉4-6次混合
加入buffer P3后析出絨毛樣物質(細菌DNA,蛋白,細胞碎片和KDS),裂解液粘性下降。如果裂解液仍然粘稠度大,說明混合不夠。
很重要的是混合好后迅速倒入濾筒,以防止擾動沉淀層。
B.細菌裂解清除 bacterial lysate clearing
5.將裂解液倒入pour濾筒內,置室溫(15-25攝氏度)10min,不要套入濾筒活塞plunger!從噴嘴處取掉濾筒的帽子,緩慢輕柔的將活塞插入濾筒并濾過細菌裂解液于50ml試管中
在靜置的10分鐘里不要攪動濾筒內的裂解液。析出物會慢慢上浮于上層。如果過了10分鐘析出物未浮在上層,可用消毒的移液器槍尖驅趕濾筒壁上的析出物。
取120ul過濾后裂解液樣本(Sample1)用于實驗后分析膠,確定生長和裂解條件是否最佳。
6.加2.5ml Buffer ER 到過濾好的裂解液中,翻轉約10次使其混合,冰浴30min
C.結合、洗滌和抽提質粒DNA bind,wash & elute plasmid DNA
7.用10ml Buffer QBT 平衡equilibrate QIAGEN-tip 500,并保持重力流動gravity flow排空柱筒empty column
8.使用第6步驟得到的過濾裂解液加入QIAGEN-tip柱中使其重力流動通過樹脂resin
取120ul通過樹脂后的裂解液樣本(Sample2)用于實驗后分析膠,確定質粒DNA結合于樹脂的效率。
9.2×30ml Buffer QC洗滌QIAGEN-tip
第一步洗滌質粒準備過程中大多數污染物,第二步洗滌特別針對培養液過多或所用菌種含糖量較多的情況。
取240ul洗滌液樣本(Sample3)用于實驗后分析膠
注意:以下步驟均為無內毒素操作,需使用無內毒素的聚丙烯塑料管或預處理的玻璃器皿(消毒后180攝氏度烘箱過夜)
10.15ml buffer QN 抽提DNA
用30ml的無內毒素管子收集。如果質粒DNA大于45-50kb,將抽提緩沖液QN 65攝氏度預熱后使用會提高產量
取60ul洗提樣本(Sample4)用于實驗后分析膠
可將洗提液存于4攝氏度保存以暫停實驗,但時間不宜過夜。
D.沉淀、洗滌和再溶解質粒DNA precipitate,wash & redissolve plasmid DNA
11.加入10.5ml室溫異丙醇(isopropanol)到抽提的DNA中并混合。4攝氏度冰凍離心機>=15,000×g,30min離心,小心的去上清dacant the supernatant
盡管離心在4攝氏度離心機下以防止樣本過熱,但所有溶液須為室溫以減少鹽沉淀。離心前可在離心管上標記以明確離心后DNA斑塊的位置。
12.用5ml 70%室溫的去內毒素乙醇(去內毒素水中加入40ml 96-100%乙醇)洗滌DNA沉淀,>=15,000×g,10min離心。小心去上清避免擾動沉淀
13.空氣中干燥air-dry沉淀5-10min,重新溶解DNA到適量的去內毒素的 Buffer TE 中。
沖洗管壁以完全重新溶解所有DNA(特別是用玻璃管的話)。但不要用移液器吹打以免剪切DNA。過于干燥的DNA斑塊很難重新溶解。酸性環境有助于DNA溶解。
E.產量測定
14.260nm紫外分光光度計:A260 0.1-1.0之間
瓊脂糖凝膠電泳
15.如果產量很低則將前述Sample用于電泳分析問題所在。
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